各種設定ファイルの管理・更新方法の話。自分の取っている方法は次の通り:

管理
各種ファイルやディレクトリは一つのディレクトリにまとめて、適当なバージョン管理システムの管理下に置く(ここでは作業ディレクトリの名前をconfigとする)。
雑多なdot filesはconfig直下に置く。
ファイル/ディレクトリ名の先頭が"."の場合、名前の頭に"dot"を付ける(例: dot.bashrc, vim/dot.vimrc, ...)。そのままでは色々と扱いが不便なので。
ある程度まとまった規模のものは専用のディレクトリを作り、そこに置く(例: opera, samurize, vim, ...)。
更新
作業用ディレクトリからmakeで更新を行う(設定更新用Makefile。内容は一部の抜粋のみ。本物はユーザー名や環境に応じて適宜更新対象を取捨選択させている)。
シンボリックリンクを使う方法もあるが、一部ファイルが編集中の場合に不整合な状態を参照される可能性があるため、この方法を取る。